caa a22 4500 605531641 CHVBK 20210128100830.0 cr unu---uuuuu 210128e20150601xx s 000 0 ger 10.1007/s00120-014-3655-5 doi (NATIONALLICENCE)springer-10.1007/s00120-014-3655-5 Nachweis von zellfreier lncRNA im Serum von Tumorpatienten [Elektronische Daten] [K. Kohls, D. Schmidt, S. Holdenrieder, S.C. Müller, J. Ellinger] Detection of cell-free lncRNA in serum of cancer patients Zusammenfassung: Hintergrund: Die Analyse von zirkulierenden RNA-Molekülen rückt zunehmend in das Interesse der Forschung, da tumorspezifische RNA-Muster als nicht-invasiver Tumormarker dienen könnten. Eine neue Entität von RNA-Molekülen, die "long non-coding RNA" (lncRNA), erscheint aufgrund ihrer hohen Gewebe- und Tumorspezifität von besonderem Interesse. Die Bedeutung von analytischen Faktoren bei der Quantifizierung der lncRNA ist jedoch unklar und soll daher in der vorliegenden Studie näher bestimmt werden. Material und Methode: Es erfolgte die Isolation von zellfreier Serum-RNA bei Patienten mit urologischen Tumoren (Harnblasenkarzinom, Prostatakarzinom, Nierenzellkarzinom) und bei Patienten mit nicht-malignen urologischen Erkrankungen. Verschiedene RNA-Isolationsverfahren, cDNA-Synthese und Präamplifikationsprotokolle wurden hinsichtlich der Quantifizierung von MALAT1 und ACTB mittels Real-time-PCR (Polymerasekettenreaktion) evaluiert. Ergebnisse: Die Quantifizierung zellfreier RNA ist im Serum möglich, auch wenn die Konzentrationen von ACTB und MALAT1 oftmals nur knapp oberhalb der Nachweisgrenze lagen. Eine RNA-Isolation mit einer kombinierten phenolbasierten Säulenaufreinigung (Ambion mirVana PARIS miRNA Isolation Kit; Qiagen miRNeasy Serum/Plasma Kit) war am effektivsten. Die Eliminierung von DNA-Residuen im Rahmen der cDNA-Synthese (Takara-Bio PrimeScript RT Reagent Kit with gDNA Eraser) und eine Präamplifikation (Applied Biosystems TaqMan PreAmp Master Mix Kit) erreichten die optimale Sensitivität. Es fanden sich keine unterschiedlichen ACTB- und MALAT1-Konzentrationen bei Patienten mit benignen und malignen Erkrankungen. Schlussfolgerung: In der Studie konnte ein optimiertes Protokoll zum Nachweis von zellfrei zirkulierenden mRNA und lncRNA etabliert werden, welches in Zukunft für die Untersuchung potentieller Ziel-RNA verwendet werden kann. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2014 Nukleinsäuren, zellfreie nationallicence Nukleinsäureisolation nationallicence Biomarker nationallicence Tumormarker nationallicence Nukleinsäuren, zirkulierende nationallicence Cell-free RNA nationallicence RNA isolation nationallicence Biological markers nationallicence Biological tumor markers nationallicence Nucleic acids, circulating nationallicence Kohls K. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut Schmidt D. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut Holdenrieder S. Institut für Klinische Chemie und Pharmakologie, Universitätsklinikum Bonn, Bonn, Deutschland aut Müller S.C. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut Ellinger J. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut https://doi.org/10.1007/s00120-014-3655-5 text/html Onlinezugriff via DOI BK010053 XK010053 XK010000 Metadata rights reserved Springer special CC-BY-NC licence nationallicence 1 research-article jats NATIONALLICENCE NATIONALLICENCE NL-springer NATIONALLICENCE 856 40 https://doi.org/10.1007/s00120-014-3655-5 text/html Onlinezugriff via DOI NATIONALLICENCE 700 1- Kohls K. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut NATIONALLICENCE 700 1- Schmidt D. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut NATIONALLICENCE 700 1- Holdenrieder S. Institut für Klinische Chemie und Pharmakologie, Universitätsklinikum Bonn, Bonn, Deutschland aut NATIONALLICENCE 700 1- Müller S.C. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut NATIONALLICENCE 700 1- Ellinger J. Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum Bonn, Sigmund-Freud-Straße 25, 53105, Bonn, Deutschland aut