caa a22 4500 606207597 CHVBK 20210128101017.0 cr unu---uuuuu 210128e20150701xx s 000 0 eng 10.1007/s00425-015-2299-z doi (NATIONALLICENCE)springer-10.1007/s00425-015-2299-z Early transcriptional changes in Beta vulgaris in response to low temperature [Elektronische Daten] [Vita Moliterni, Roberta Paris, Chiara Onofri, Luigi Orrù, Luigi Cattivelli, Daniela Pacifico, Carla Avanzato, Alberto Ferrarini, Massimo Delledonne, Giuseppe Mandolino] Main conclusion : Major metabolic pathways and genes affected by low-temperature treatment were identified and a thorough picture of the early transcriptional changes in sugar beet plantlets upon cold stress was given. Sugar beet (Beta vulgaris L.) is an important source of sugar and bioethanol production in temperate areas worldwide. In these areas, plantlet survival and sucrose yield of mature plants can be seriously limited by low temperatures, especially when plantlets are exposed to freezing temperatures (below 0°C) at the early developmental stages. This frequently occurs when the crop is sown in early spring or even in autumn (autumn sowing) to escape drought at maturity and pathogen outbreaks. The knowledge of molecular responses induced in plantlets early upon exposure to low temperature is necessary to understand mechanisms that allow the plant to survive and to identify reactions that can influence other late-appearing traits. In this work, a wide study of sugar beet transcriptome modulation after a short exposure to a cold stress, mimicking what is experienced in vivo by young plantlets when temperature drops in the early spring nights, was carried out by high-throughput sequencing of leaves and root RNAs (RNA-Seq). A significant picture of the earliest events of temperature sensing was achieved for the first time for sugar beet: the retrieval of a great amount of transcription factors and the intensity of modulation of a large number of genes involved in several metabolic pathways suggest a fast and deep rearrangement of sugar beet plantlets metabolism as early response to cold stress, with both similarities and specificities between the two organs. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2015 Cold stress nationallicence RNA-Seq nationallicence Stress-induced transcriptome nationallicence Sugar beet nationallicence Transcription factors nationallicence ABA : Abscisic acid nationallicence AF : Antifreeze protein nationallicence AP2/ERF : Apetala2/ethylene responsive nationallicence BR : Brassinosteroid nationallicence CBF/DREB : C-repeat binding factor/dehydration responsive element- binding factor nationallicence COR : Cold responsive nationallicence DE : Differentially expressed nationallicence FPKM : Fragments per kilobase of exon per million fragments mapped nationallicence FunCat : Functional Catalogue nationallicence GO : Gene ontology nationallicence PR : Pathogenesis-related nationallicence ROS : Reactive oxygen species nationallicence TF : Transcription factor nationallicence Moliterni Vita Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per la genomica vegetale, via San Protaso 302, 29017, Fiorenzuola d'Arda, Italy aut Paris Roberta Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut Onofri Chiara Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut Orrù Luigi Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per la genomica vegetale, via San Protaso 302, 29017, Fiorenzuola d'Arda, Italy aut Cattivelli Luigi Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per la genomica vegetale, via San Protaso 302, 29017, Fiorenzuola d'Arda, Italy aut Pacifico Daniela Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut Avanzato Carla Dipartimento di Biotecnologie, Università degli Studi di Verona, Cà Vignal 1, Strada Le Grazie 15, 37134, Verona, Italy aut Ferrarini Alberto Dipartimento di Biotecnologie, Università degli Studi di Verona, Cà Vignal 1, Strada Le Grazie 15, 37134, Verona, Italy aut Delledonne Massimo Dipartimento di Biotecnologie, Università degli Studi di Verona, Cà Vignal 1, Strada Le Grazie 15, 37134, Verona, Italy aut Mandolino Giuseppe Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut Planta Springer Berlin Heidelberg 242/1(2015-07-01), 187-201 0032-0935 242:1<187 2015 242 425 https://doi.org/10.1007/s00425-015-2299-z text/html Onlinezugriff via DOI BK010053 XK010053 XK010000 Metadata rights reserved Springer special CC-BY-NC licence nationallicence 1 research-article jats NATIONALLICENCE NATIONALLICENCE NL-springer NATIONALLICENCE 856 40 https://doi.org/10.1007/s00425-015-2299-z text/html Onlinezugriff via DOI NATIONALLICENCE 700 1- Moliterni Vita Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per la genomica vegetale, via San Protaso 302, 29017, Fiorenzuola d'Arda, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Paris Roberta Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Onofri Chiara Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Orrù Luigi Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per la genomica vegetale, via San Protaso 302, 29017, Fiorenzuola d'Arda, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Cattivelli Luigi Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per la genomica vegetale, via San Protaso 302, 29017, Fiorenzuola d'Arda, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Pacifico Daniela Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Avanzato Carla Dipartimento di Biotecnologie, Università degli Studi di Verona, Cà Vignal 1, Strada Le Grazie 15, 37134, Verona, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Ferrarini Alberto Dipartimento di Biotecnologie, Università degli Studi di Verona, Cà Vignal 1, Strada Le Grazie 15, 37134, Verona, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Delledonne Massimo Dipartimento di Biotecnologie, Università degli Studi di Verona, Cà Vignal 1, Strada Le Grazie 15, 37134, Verona, Italy aut NATIONALLICENCE 700 1- Mandolino Giuseppe Consiglio per la ricerca e la sperimentazione in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria, Centro di ricerca per le Colture Industriali, via di Corticella 133, 40128, Bologna, Italy aut NATIONALLICENCE 773 0- Planta Springer Berlin Heidelberg 242/1(2015-07-01), 187-201 0032-0935 242:1<187 2015 242 425